Vor Inkrafttreten der EU-Wasserrahmenrichtlinie wurde zur Beschreibung der Wassergüte nur die Belastung durch leicht abbaubare organische Wasserverunreinigungen untersucht. Durch große Investitionen in die Sammlung und Reinigung der Abwässer wurde die Wassergüte, die in sogenannten Gütekarten dargestellt wurde, in Österreich deutlich verbessert.
Nunmehr wird aber der ökologische Zustand der Gewässer insgesamt bewertet. Dadurch werden auch Auswirkungen von baulichen Veränderungen oder Veränderungen des Wasserhaushaltes in der Bewertung sichtbar. Der von der Wasserrahmenrichtlinie geforderte zumindest gute ökologische und chemische Gesamtzustand ist in Österreich nur mehr an 37 Prozent der Gewässerstrecken gegeben, 63 Prozent der Strecken weisen einen Sanierungsbedarf auf. Der überwiegende Teil davon auf Grund sogenannter hydromorphologischer Belastungen, das sind die Folgen von Verbauungen, Wanderhindernissen, Wasserausleitungen, Stau, Schwall und Sunk. Rund ein Fünftel der Fließgewässer weist auch erhöhte Nährstoffgehalte auf.
In Oberösterreich weisen auf Grund derartiger Veränderungen rund 80 Prozent der Gewässerstrecken keinen guten ökologischen Zustand auf. 8 Prozent der Strecken sind so stark verändert, dass sie als erheblich veränderte Gewässerstrecken auszuweisen waren. Innerhalb der prioritär zu sanierenden Gewässerstrecken erreichen ca. 92 Prozent nicht den Zielzustand und wurden rund 38 Prozent als erheblich verändert ausgewiesen.
