- Von den Europaschutzgebieten „Oberes Donau- und Aschachtal" und „Böhmerwald und Mühltäler“ gehören nur kleine Teilbereiche zum Zentralmühlviertler Hochland.
- Das Europaschutzgebiet „Tal der Kleinen Gusen“ liegt dagegen zur Gänze innerhalb der Raumeinheit.
- Folgende Naturschutzgebiete liegen in der Raumeinheit:
- Tal der Kleinen Gusen: Naturnahe Hangwälder und Talbereiche mit Wiesen und naturnah abfließender Kleinen Gusen
- Stadlerwiese: Extensivwiese mit Niedermoor
- Weitere Naturschutzgebiete wie das Rannatal, der Schlossberg Neuhaus und das Pesenbachtal sind nur randlich betroffen.
- Landschaftsschutzgebiete: Feldaisttal (unterhalb Pregarten) und Roadlberg (Kulturlandschafts- und Waldbereich um eine Aussichtswarte in Wintersdorf bei Ottenschlag im Mühlviertel).
- Zahlreiche Naturdenkmäler: Überwiegend alte Bäume und Felsformationen.
- Uferschutzzonen bestehen im Umgebungsbereich von Bächen (50 m Radius) und der Donau (vereinzelte Hangschulterbereiche oberhalb der Donau).
Natur und Landschaft - Fotos
Quelle: K. Nadler, TB Haug
