- Ausbau der Verkehrsachsen Richtung Tschechien und damit Gefährdung des durch extensive landwirtschaftliche Nutzung geprägten Kulturlandschaftscharakters sowie Zerschneidung bedeutender Wildkorridore.
- Geringe Akzeptanz des Natura 2000-Gebietes „Böhmerwald-Mühltäler“ durch die lokale Bevölkerung.
- Die Ausbreitung des Fischotters stößt bei Angelfischern und in der Teichwirtschaft teilweise auf Widerstand, dem vor allem durch Aufklärung und Kooperation bei der naturnahen Gestaltung der Gewässer begegnet werden kann.
- Die Akzeptanz der Ausbreitung von Großtierarten wie Luchs und Elch muss in Bevölkerung und Jägerschaft durch Aufklärungsarbeit vergrößert werden.
- Die prinzipiell sinnvollen Heckenpflanzungen stellen auf artenreichen Trockenböschungen ein Problem dar, da in diesen Fällen aus naturschutzfachlicher Sicht der vorhandenen Böschungsvegetation die höhere Priorität zukommt.
- Raumbedarf für Siedlungsausweitungen, zunehmende Einzelhausverbauung und Bau von Golfplätzen und anderen touristischen Einrichtungen können in Teilen der Raumeinheit zu Konflikten mit dem Landschafts- und Lebensraumschutz führen.
